Поликлиника открылась как самостоятельное детское учреждение 1 октября 1971 года.

С 1985 года  стала базой кафедры педиатрии ЧГМИ, возглавляемой  профессором  Узуновой А.Н., а с 20 октября 2015 года Детской городской поликлинике № 9 присвоен статус клинической поликлиники в связи с размещением на ее базе кафедры «Пропедевтики детских болезней и педиатрии» ГБОУ ВПО «УЮГМУ».

В 1994 году детская поликлиника была впервые лицензирована  на II категорию.

Свое нынешнее название «Муниципальное учреждение здравоохранения Детская городская поликлиника № 9» поликлиника получила 23 марта 2005 года, а с 17 июля 2019 года изменен тип организации на Муниципальное автономное учреждение здравоохранения "Детская городская клиническая поликлиника №9" (сегодня - МАУЗ ДГКП № 9) . 

С 2013 года поликлинику возглавляет врач-педиатр высшей категории Евчая Наталья Ивановна.

В декабре 2014 года на базе детской поликлиники было создано новое структурное подразделение — детский консультативно-диагностический центр, в котором ведут прием специалисты в пяти отделениях по десяти направлениям.

На сегодняшний день поликлиника оказывает квалифицированную медицинскую помощь детям по более чем 20 залицензированным направлениям.

Введены и успешно применяются новые методики диагностики и лечения.

В поликлинике постоянно совершенствуется  организация медицинской помощи, позволяющая избежать  очередей и сократить время ожидания консультации или диагностического обследования до минимума (1-2 дня):

Организована предварительная самозапись к специалистам очно, по телефону, через Интернет.

Проводится осмотр диспансерной группы «узкими»  специалистами в организованных коллективах.

Наличие дежурного администратора позволяет регулировать потоки пациентов, отслеживать изменения в расписании, вести  видеонаблюдение для предотвращения скопления пациентов у кабинетов врачей.